Estão classificadas como impróprias para uso: Iperoig e  Itaguá(em dois pontos), em Ubatuba;  Prainha e Indaiá, em Caraguatatuba; e, Pinto, Barreiros do Sul e Itaquanduba, em Ilhabela.

Segundo dados da Cetesb, a praia do Itaguá, em Ubatuba, permanece há onze semanas imprópria para uso; a do Indaiá, em Caraguatatuba, esteve imprópria em sete das 11 semanas de avaliação este ano: e, a do Pinto, em Ilhabela, esteve poluída em oito das 11 semanas.

O índice de saneamento básico ainda é pequeno em alguns das cidades da região.  Em Ubatuba, é de 55%; em Ilhabela, 62%; em São Sebastião, este índice é de 74%; e, em Caraguatatuba, este índice chega a  92%.